论文查重合格率的设定原则应综合考虑多方面因素。首先，应根据学术规范和要求确定合理的查重比例，一般建议在15%~20%之间。其次，要考虑到不同学科领域的特点，对于技术性较强的领域可以适当放宽合格率标准。此外，还应结合学校或期刊的具体要求，确保查重合格率符合相关规定。最后，合格率的设定应透明公正，避免出现主观随意的情况。

确定论文查重合格率的方法可以采用多种途径。首先，可以参考学术期刊或学校的相关规定和标准，了解对于不同类型论文的查重合格率要求。其次，可以借助查重系统提供的数据分析功能，根据文本相似度的具体数值来确定合格率的标准。此外，还可以参考同行的经验和建议，了解行业内普遍接受的查重合格率范围。综合考虑各方因素，确定合适的查重合格率标准，有助于保障学术诚信和论文质量。